
L’idea del Romitorio si consolida e si concretizza sempre meglio adattando ulteriormente i locali sopra la Cappella della Croce.
1643: Nuovi locali per il Romitorio
Si costruisce un nuovo Romitorio adiacente alle Stimmate, praticandone l’accesso mediante una scala collocata al centro della cappella Loddi. La cappella della Croce viene divisa in due livelli, quello inferiore con volta a botte ad uso di cappella, quello superiore come stanza di passo per i romiti per accedere al piccolo coro delle Stimmate. Si scialbano gli affreschi che la decoravano (Memoriale Cose più Notabili p. 46).
Una descrizione del Romitorio
Il Monte Santo nel 1775 così descrive il Romitorio:
“Fatte accomodare nella miglior forma, che permettesse l‘angustia del luogo, certe piccolissime celle, che fino dall‘anno 1593 erano state edificate sopra la Cappella della Croce, dentro alle mura, che formano la fabbrica delle Sacre Stimate, le ridussero in forma d‘un divoto Eremitorio.
Vi fecero un piccolo, ma divoto Coro, che resta nella parte più vicina alla Sacra Cappella, da cui per una finestra serrata co vetri si mira in faccia il Santissimo Sagramento, e la grata dove successe il mistero, e vi destinarono due Sacerdoti, con un Fratello Laico, i quali dimorandovi sempre, giorno e notte officiassero luogo sì santo… e fossi così con decoro, quel Santuario, maggiormente tenuto, come con santa gelosia fino al presente si pratica” (Monte Santo p. 96).
Il Refettorio dei Terziari, attuale Refettorio degli ospiti
Nel 1643 inizia la costruzione, nel luogo detto “il Palcaccio”, sotto l‟infermeria, di un refettorio per i Terziari, a spese della Compagnia dei Benefattori di Firenze, “con la stalla sotto”. Sarà terminato nel 1644 (Filza VII n. 11; Memoriale cose più notabili p. 46).
I Benefattori della Compagnia Fiorentina se ne servivano annualmente, “quando per la Pentecoste venivano in processione, a visitare questo Santuario” (Monte Santo p. 73).

Il plurisecolare Refettorio dei Terziari è attualmente il Refettorio degli ospiti della Foresteria… Riconoscete questi signori?
Il Noviziato

Sotto il governo della Provincia Riformata, la Verna acquisisce una importanza ancora maggiore, non solo come meta di pellegrinaggi, ma anche come Noviziato e Casa di formazione per i chierici, e lanificio per la produzione di stoffa per gli abiti dei religiosi.
11 maggio 1644: Le galline dell’infermeria
Il Comm. Generale P. Benigno da Genova autorizza l’Infermeria, nella persona di F. Giuseppe da Pietrasanta infermiere, ad allevare polli per le necessità dei malati, purché con cautela e buon esempio, in quanto considerati genere di lusso (Filza IV n. 18). Negli anni successivi, spesso è menzionato l’acquisto di miglio “per le galline dell‘infermeria”.
Il 1° settembre 1644 si tiene alla Verna il Capitolo Provinciale (Catalogo p. 61).
1645-1646: Il Noviziato
Si costruisce sopra il Dormitorio un secondo piano, adibito a Noviziato (Memorie del Convento p. 3). Il Cutigliano (p. 6) precisa:
“Il Padre fra Pier Antonio da S. Piero in Bagno Guardiano di detto Convento fece fare dui Dormentori doppi, uno sopra l‘altro dalla parte del Convento sopra la canova, dove era la libraria, uno dei quali, cioè, quel di sopra ha da servire per il Noviziato, e quel di sotto per li frati, essendovi pria necessità di stanze, e saranno stanze n. 32 incirca” (cfr. Catalogo p. 61).
21 febbraio 1646: Altre stanze
Il Ministro Generale P. Giovanni da Napoli autorizza la costruzione di alcune stanze sopra la libreria o dopo il refettorio e di una cappella per l‟infermeria (Filza IV n. 19; cfr. CD p. 196 n. 132).
21 settembre 1646: Il Lanificio
Il Capitolo Provinciale tenuto a Fiesole, presieduto dal Generale P. Giovanni da Napoli, dispone: “In primis il Padre Rev.mo vuole, che s‘istituisca tre botteghe di panni, cioè una nel Convento di S. Cerbone… l‘altra alla Verna che serva per li Conventi dello Stato vecchio, la terza a Sarthiano per li Conventi dello Stato di Siena, alle quali botteche doveranno contribuire li altri Conventi conforme alla Dispositione del Diffinitorio acciò il panne sia uniforme” (Lib. Prov. III fol. 26 r).