
Anche nell’ultimo quindicennio del Cinquecento vi sono al santuario importanti acquisizioni. Prima di tutto viene l’organo della chiesa grande, alla Verna. con la sua splendida mostra. L’altra, poi, è l’altare di S. Francesco nella chiesa grande. Successivamente, sulla cappella della Croce si costruiscono delle cellette, in vista dell’istituzione di un Romitorio. E ancora, particolare molto interessante: il guardiano ha l’obbligo di piantare annualmente 200 alberi…
1586: l’organo della Verna

Acquisto dell‟Organo della chiesa maggiore con le elemosine del convento, “et costò intorno a scudi 300 di moneta fiorentina” (Savelli cap. 22). Infatti l’iscrizione in oro recita:
HAEC EX OBLATIS EREXERUNT ORGANA FRATRES
UT PERSOLVANTUR CANTICA GRATA DEO MDLXXXVI.
Inizia così l’importante tradizione organistica della Verna.
1588: l’altare di S. Francesco nella chiesa grande

Giovanni Niccolini fa poi costruire nella chiesa grande l’altare di S. Francesco, a destra, davanti a quello di S. Antonio da Padova (Monte Santo p. 81).
La robbiana che vi si trova, composta di 180 pezzi, non aveva lì la sua collocazione originaria, ma vi fu posta per ragioni di sicurezza quando fu chiuso l’oratorio di S. Onofrio in Vallesanta nel 1874. Ne riparleremo a suo tempo.
3 giugno 1589: La Riforma
Mentre il movimento della Riforma francescana si sviluppa, i Riformati ottengono da Gregorio XIII con il Breve Cum illius vices l’autorizzazione a celebrare i Capitoli e ad eleggere il proprio Custode (P. Rosati, p. XV).
7-8 luglio 1593: Ordini per la Verna
Ordini per la Verna fatti dal Generale Bonaventura da Caltagirone nel Capitolo Provinciale:
“Che nel convento del sacro monte della Verna siano assegnati quaranta frati di famiglia… sia istituito il noviziato e sia rimosso lo studio…
Che annualmente il predetto Guardiano pianti duecento abeti, che vengano piantati la festa di Pentecoste, sotto pena di privazione del guardianato.
Item che assegni due confessori che accompagnino i devoti secolari a visitare le cappelle.
Item che le donne in nessun modo entrino nei recinti.
Item che totalmente e subito sia espulsa la taverna dalla porta della clausura. E nessun frate, di qualunque condizione, gli dia qualcosa di commestibile, sub proprietarii poena; la quale taverna, tuttavia, a nessun patto possa di nuovo essere eretta dal convento.
Item che si fabbrichino quattro o cinque celle in cui da questa provincia o da altre si assegnino dei frati volontariamente restricti, che rimangano in regime di clausura, che non cerchino minimamente di parlare con i secolari, né escano da lì o per confessare secolari o per altra causa, se non con la licenza del Guardiano; ma il portinaio serva loro il cibo”.
1593: Celle sopra la Cappella della Croce
Come a dare attuazione immediata a tali ordini, vengono costruire delle cellette sopra la Cappella della Croce (Vitale MS p. 235; Monte Santo p. 96).
Si cerca, evidentemente, di ripristinare un Romitorio alla Verna (Firenze, Archivio Prov. OFM, Registrum A Prov. Tusciae Florent., f. 4; Suppl. CD n. 14 p. 20 s.).