Sotto il governo della Provincia Riformata, la Verna acquisisce una importanza ancora maggiore, non solo come meta di pellegrinaggi, ma anche come Noviziato e Casa di formazione per i chierici, e lanificio per la produzione di stoffa per gli abiti dei religiosi.
11 maggio 1644: Le galline dell’infermeria
Il Comm. Generale P. Benigno da Genova autorizza l’Infermeria, nella persona di F. Giuseppe da Pietrasanta infermiere, ad allevare polli per le necessità dei malati, purché con cautela e buon esempio, in quanto considerati genere di lusso (Filza IV n. 18; cfr. CD p. 195 s. n. 131).
Negli anni successivi, spesso è menzionato l’acquisto di miglio “per le galline dell‘infermeria”.
1 settembre 1644: Capitolo Provinciale
Si tiene alla Verna il Capitolo Provinciale (Catalogo p. 61).
1645-1646: Il Noviziato
Si costruisce sopra il Dormitorio un secondo piano, adibito a Noviziato (Memorie del Convento p. 3). Il Cutigliano (p. 6) precisa:
“Il Padre fra Pier Antonio da S. Piero in Bagno Guardiano di detto Convento fece fare dui Dormentori doppi, uno sopra l‘altro dalla parte del Convento sopra la canova, dove era la libraria, uno dei quali, cioè, quel di sopra ha da servire per il Noviziato, e quel di sotto per li frati, essendovi pria necessità di stanze, e saranno stanze n. 32 incirca” (cfr. Catalogo p. 61).
21 febbraio 1646: altre stanze
Il Ministro Generale P. Giovanni da Napoli autorizza la costruzione di alcune stanze sopra la libreria o dopo il refettorio e di una cappella per l‟infermeria (Filza IV n. 19; cfr. CD p. 196 n. 132).
21 settembre 1646: Il Lanificio
Il Capitolo Provinciale tenuto a Fiesole, presieduto dal Generale P. Giovanni da Napoli, dispone: “In primis il Padre Rev.mo vuole, che s‘istituisca tre botteghe di panni, cioè una nel Convento di S. Cerbone… l‘altra alla Verna che serva per li Conventi dello Stato vecchio, la terza a Sarthiano per li Conventi dello Stato di Siena, alle quali botteche doveranno contribuire li altri Conventi conforme alla Dispositione del Diffinitorio acciò il panne sia uniforme” (Lib. Prov. III fol. 26 r).