Negli anni Trenta del XVII secolo si finisce di arredare l’interno della chiesa grande, e si dispongono le reliquie nella cappella Niccolini. Un’altra innovazione, che è arrivata fino a noi, è quella di proteggere con un tavolato di legno il loggiato della chiesa grande, che altrimenti, negli inverni più rigidi, rischierebbe di essere invasa dalla neve. Intanto, la Verna diviene Casa di Studentato.
1637: Il pulpito e gli arredi della chiesa grande
Nella chiesa maggiore viene posto il pulpito di pietra concia, si finiscono le cappelle e si dispongono le panche alle pareti e i confessionali (Memoriale Cose più notabili p. 60; MdC p. 1).
1639: rivestimento di piombo per i tetti
Si inizia a coprire di piombo i tetti, cominciando dalla Cappella delle Stimmate (Memoriale cose più notabili p. 60).
La porta laterale della chiesa maggiore viene fornita da Giovanni Niccolini (iscrizione sulla porta). Le Reliquie vengono poste nella cappella Niccolini (MdC p. 2).
La cappella di S. Sebastiano viene dotata di un altare di marmo (Guida p. 131).
1639: i Riformati
La Custodia Riformata diviene Provincia.
19 gennaio 1640: la Verna è Casa di studentato
Congregazione di Montepulciano. Si assegna per la Verna un Magister Chericorum nella persona del P. Arcangelo da Presciano (Lib. Cust. II p. 210). I frati che si preparano al sacerdozio sono alloggiati nel corridoio S. Antonio del Dormitorio.
1640: Il tavolato di protezione per la chiesa grande
Si mette il tavolato davanti alla porta maggiore della chiesa grande (MdC p. 2).
Settembre 1642
Si iniziano a coprire di piombo il tetto della chiesina degli Angeli, “ma non si poté finire mediante li romori di guerra, e non si poté finire per eser il piombo troppo caro” (Memoriale Cose più Notabili p. 45 s.).
1642-43: Magister Professorii
Il noviziato è a Sargiano. Per la Verna è indicato un Magister Professorii nel Padre Francesco da Menabbio (Lib. Prov. III f. 8 v).
11 marzo 1643 (Cum Ecclesiae): scomunica per i danneggiatori di piante
Il vescovo di Arezzo Tommaso Salviati commina la scomunica per i danneggiatori di piante (Filza IV n. 5; CD p. 195 s. n. 131).